หลังจากการปะทะกันอย่างยิ่งใหญ่ในคราวก่อน ก็อตซิลล่า และ คอง ต้องกลับมาอีกครั้ง เพื่อปะทะกับอันตรายที่ซ่อนตัวอยู่ในโลกของเรา และเป็นภัยคุกคามต่อการคงอยู่ของพวกเขาและมนุษยชาติเองด้วย ร่วมกันดำดิ่งลงไปในประวัติศาสตร์ของเหล่าไททัน เกี่ยวกับต้นกำเนิดและปริศนาของเกาะกะโหลก และค้นพบการต่อสู้อันยิ่งใหญ่ที่จะหล่อหลอมสิ่งมีชีวิตแสนอัศจรรย์เหล่านี้ ซึ่งจะเกี่ยวพันกับมนุษยชาติตลอดไป